Charles apareceu para o futebol nacional após a conquista do Campeonato Brasileiro de 1988 pelo Bahia. Jovem atacante, até então com 20 anos de idade, estreou com a camisa do Bahia, logo contra o Corinthians. Entrando no 2º Tempo, faltando apenas 15 minutos para o jogo terminar. Quando aos 45 minutos, fez um a belíssima jogada e marcou um dos gols mais bonitos da rodada. Ao final da partida ficou conhecido popularmente, tanto pela torcida, quanto pela imprensa como o Anjo 45.
A partir daí, começou a ter mais chances, estava disposto a ganhar a posição. Na outra rodada, contra o Criciúma, graças a uma esquisita jogada de Charles, a vitória tricolor foi definida aos 23 minutos do 2º tempo. Depois de dois jogos, dois gols, entrou no gosto da torcida, e do mestre e técnico Evaristo de Macedo, ganhando a posição de titular e tornando-se muito importante para a conquista do campeonato.
Em outra rodada, dessa vez contra o Santos do doutor Sócrates e de César Sampaio, o Bahia voltou a vencer, com uma gloriosa goleada de 5x1, e claro, Charles deixou o dele, aos 3 minutos do 2° Tempo.
Após ótima estreia e bom 2 turno, o garoto Charles, seria decisivo novamente, agora nas quartas de finais, contra o atual campeão Brasileiro na época, o Sport, em plena Ilha do Retiro, lotada de torcedores rubro-negros. Foi talvez por muitos torcedores e críticos, o jogo mais de difícil do tricolor baiano na campanha do título brasileiro. Foi uma batalha do início ao fim, um grande jogo, com muitas emoções dos dois times. Logo aos 7 minutos do 1° Tempo, a torcida pernambucana pulava de alegria, era gol do Sport, terminando assim o placar da primeira etapa. No 2° Tempo, o jogo era o mesmo, lá e cá, ataque do sport, ataque do Bahia, e o tempo passava. Até que, aos 35 minutos, a estrela de Charles brilharia de novo, após cruzamento rasteiro do lateral esquerdo Paulo Robson, Charles pega de primeira e empata para o Bahia. Nos 15 minutos finais, pura emoção, mas o resultado não mudou, 1 x 1. A decisão para as semifinais ficaria em Salvador.
Agora jogando em casa, na Fonte Nova, o Bahia resistiu a pressão do Sport e assegurou sua classificação as semifinais, sobe o comando de Charles, Bobô, Zé Carlos, Ronaldo e cia, o esquadrão tricolor seguia sua trajetória rumo ao título. Após passar pelo Fluminense, e ser campeão brasileiro, numa final diante do Internacional, Charles se tornaria grande ídolo da torcida baiana. Fato que o fez ser convocado para a Seleção Brasileira e posteriormente para a disputa da Copa América em 1989.
Seu sucesso entre os baianos foi tão imediato que, ao ser preterido pelo então treinador brasileiro Sebastião Lazaroni, apenas 13 mil pessoas foram à Fonte Nova acompanhar a estreia brasileira diante dos venezuelanos na competição sul-americana. A insatisfação do público não foi aplacada nem com a vitória por 3 a 1; nas arquibancadas, seria queimada uma bandeira brasileira, além de ofensas de Bebeto aos torcedores, que, por sua vez, arremessariam um ovo em Renato Gaúcho, responsável pela afirmação de que a Bahia seria uma "terra da índio". Tal acontecimento, pelo acirramento de ânimos, faria com que a Seleção voltasse a Salvador apenas seis anos depois, em 1995.
Passando a conquista do título nacional, Charles continuaria a brilhar e ser decisivo. Em 1989, disputou a Libertadores pelo Bahia, que chegou as quartas de finais, sendo eliminado pelo próprio Internacional.
Em 1990, ajudou o Bahia a chegar novamente as semifinais do brasileirão, sendo o artilheiro da competição com 11 gols e no final do ano recebeu a Bola de Prata da Revista Placar de melhor marcador do campeonato.
Ao todo conquistou pelo Bahia o título brasileiro e os campeonatos baianos de 1988 e 1991. Com todos essas conquistas, seu passe cresceu e as propostas de outros clubes também. Depois do título baiano de 1991 seguiu para o Cruzeiro, deixando grandes saudades no Bahia.
