Como o seu pai, Marcelo Oliveira Guimarães Filho também esteve envolvido com a política, ambos também foram presidentes do Esporte Clube Bahia, o pai entre 1997 e 2005, entregando neste último ano o Bahia na terceira divisão do campeonato brasileiro.
As eleições de 2008 foram verdadeiramente intensas e ao final, após uma indicação de um amigo, que também era conselheiro do Bahia, ele assumiu a responsabilidade de trazer de volta o Tricolor de Aço para a primeira divisão.
Em 2013, Marcelo Guimarães Filho enfrentou a fúria da Torcida Tricolor, que já não aceitava como antes os terríveis problemas dentro e fora de campo. Depois de sofrer duas goleadas para o ViCe, ser desclassificado prematuramente nas copas do Nordeste e Brasil, o presidente se tornou persona non grata, e sofreu muita pressão para a sua renúncia.
A situação ficou ainda pior quando muitos jogadores que foram revelados pelo clube tiveram seus contratos rescindidos pela falta dos depósitos do FGTS.
Em 2016, o Esporte Clube Bahia que estava sob a gestão de Marcelo Sant'Ana entrou com uma ação judicial de perdas e danos contra Marcelo Guimarães Filho, cobrando um valor de mais de 44 Milhões de Reais. O Bahia acusava a gestão do então ex-presidente de ter cometido "atos administrativos ilegais, inválidos e/ou em transgressões estatutárias absurdas que serão aqui desnudados, atraindo o dever de indenizar, na forma da legislação de regência".
Em setembro de 2017, Marcelo Guimarães Filho foi expulso do quadro de sócios do Bahia, após uma reunião extraordinária realizada pelo Conselho Deliberativo Tricolor. Era o início do fim de uma era obscura para muitos torcedores do Bahia.
