O meia Zé Rafael ficou muito próximo de ser contratado pelo Cruzeiro, de acordo com Itair Machado, vice-presidente de futebol do clube mineiro. Segundo o dirigente, em entrevista à Rádio Itatiaia, houve troca de minutas com o Bahia, mas a negociação foi atrapalhada pelo Palmeiras, que tem a preferência de compra pelo jogador:
Foi a primeira contratação para 2019 que tentei fazer. Reuni com o Mano, chegamos a trocar minutas com o Bahia, e o Zé Rafael queria vir para o Cruzeiro. O Cruzeiro queria pagar R$ 10 milhões. Além de bom jogador, ele tem passaporte italiano. Então seria um ótimo negócio para o Cruzeiro. Ele iria pagar, porque gosta do jogador e queria ver o jogador no Cruzeiro. O Palmeiras entrou, ofereceu R$ 16 milhões, mais R$ 2 milhões para o jogador. Mas chegamos a aprovar as minutas
Um dos principais destaques do Bahia na temporada, Zé Rafael disputou 47 jogos, marcou 11 gols e deu quatro assistências com a camisa tricolor.
Diego Cerri, diretor de futebol do Bahia, declarou à ESPN Brasil que, apesar do Palmeiras ter a prioridade pelo jogador, ainda não há nada fechado:
O Palmeiras, desde janeiro, tem uma preferência de compra do Zé Rafael. Ele tem recebido inúmeras sondagens, algumas propostas e agente sabe que o Palmeiras tem a preferências. As conversas tem evoluído, mas não tem nada definido, embora eles tenham manifestado interesse em cobrir uma eventual proposta
